Облыстың жер қойнауы пайдалы қазбаларға бай: темір және магнетит кендері, боксит, қара көмір, асбест, отқа төзімді және кірпіш сазы, флюстік және цемент ақбалшығы, шыны құм, құрылыс тасы және т.б.

Қостанай облысында түрлі дәрежедегі танымал және зерттелген пайдалы қазбалардың 35 түрі бар. Шамамен 400 пайдалы қазба және минералды шикізат орындары барланды, оның ішінде:

- құрылыс материалдары – 234 кен орны,

- 18 – темір,

- 22 – боксит,

- 7 – алтын,

- 2 – титан,

- 10 – көмір,

- бір-бірден – күміс,

- никель және мырыш.

Облыс республиканың бірегей темір және боксит базасы болып табылады.

Өңірде Қазақстан Республикасының жалпы баланстық қорларының 92,6% темір кені орналасқан (әлемдік қордың 4%), 98,2% – боксит, 81,2% - кобальт, 51,6% - никель, 4,6% - титан, 3,1% - алтын.

2019 жылдың тау-кен өндіруші кәсіпорындар 508,4 млрд. теңгенің өнеркәсіп өнімдерін өндірді

Қостанай облысындағы жер қойнауын пайдалану саласындағы мейілінше ірі кәсіпорындар мыналар:

- «ССТӨБ» АҚ (ашық және жабық темір кенін алу, темір кен концентраттарының өндірісі);

- «Варваринское» АҚ («Доре» мыс концентраты мен ерітінді өндірісі;

- «Алюминий Казахстан» АҚ Краснооктябрь боксит радиобасқармасы (боксит барлау);

- «Костанайские минералы» АҚ (хризотил-асбест кенін барлау және байыту);

- «Өркен» ЖШС Лисаков филиалы (темір кенін барлау және байыту).

Бүгінгі күні облыста еркін жер қойнауын пайдалануда 69 кен орны бар, оның ішінде 38 жалпыға мәлім пайдалы қазбалар және 31 қатты пайдалы қазбалар, олар Қостанай облысының инвестициялық порталының инвестициялық картасында (www.map.invest.kostanay.gov.kz) орналастырылған.