Недра области богаты полезными ископаемыми: железные и магнетитовые руды, бокситы, бурый уголь, асбест, огнеупорные и кирпичные глины, флюсовый и цементный известняк, стекольный песок, строительный камень и др.

В Костанайской области известно и изучено в различной степени 35 видов полезных ископаемых.

Разведано около 400 месторождений полезных ископаемых и минерального сырья, в том числе:

- строительных материалов – 234 месторождения,

- 18 - железа,

- 22 - бокситов,

- 7 - золота,

- 2 – титана,

- 10 – угля,

- по 1 – серебра, никеля и цинка.

Область является уникальной железорудной и бокситовой базой республики.

В регионе сосредоточено 92,6% железных руд (4% от мирового запаса), 98,2% – бокситов, 81,2% - кобальта, 51,6% - никеля, 4,6% - титана, 3,1% - золота от общих балансовых запасов Республики Казахстан.

В Костанайской области наиболее крупными предприятиями в отрасли недропользования являются:

- АО «ССГПО» (открытая и подземная добыча железных руд, производство железорудных окатышей и концентрата);

- АО «Варваринское» (производство медного концентрата и сплава «Доре»);

- филиал АО «Алюминий Казахстан» Краснооктябрьское бокситовое рудоуправление (добыча боксита);

- АО «Костанайские минералы» (добыча и обогащение руд хризотил-асбеста);

- Лисаковский филиал ТОО «Оркен» (добыча и обогащение железной руды).